ミッション攻略
今回はミッションがかなり増えていていい感じ
しかし、初代ＡＣと比べるとまだ少ないかな・・・
前作までのＡＣシリーズと比べると難易度は高め
| ステージ攻略 | おまけ | ＡＣテスト（隠しパーツ有り） |
| ０１ | レイヴン試験 | |
| ０２ | ＭＴ工場制圧 | |
| ０３ | 内通者消去 | |
| ０４ | ゲートブリッジ保守 | |
| ０５ | レクテナ施設夜襲 | |
| ０６ | ディソーダー排除 | |
| ０７ | 輸送物資強奪 | |
| ０８ | 海上施設爆破装置解除 | |
| ０９ | アーデンリバー防衛 | |
| １０ | 空港防衛 | |
| １１ | 開発地区救援 | |
| １２ | 輸送列車護衛（隠しパーツ有り） | |
| １３ | 機密情報保守（隠しパーツ有り） | |
| １４ | 地上部隊要撃（隠しパーツ有り） | |
| １５ | 水精製施設壊滅阻止 | |
| １６ | 海底基地強襲 | |
| １７ | 遭難者救出（隠しパーツ有り） | |
| １８ | アーデンリバー侵攻 | |
| １９ | レーダー基地侵入（隠しパーツ有り） | |
| ２０ | レーダー基地破壊（隠しパーツ有り） | |
| ２１ | 地上兵器侵攻阻止（隠しパーツ有り） | |
| ２２ | 本社ビル屋上警戒 | |
| ２３ | 調査隊撃滅 | |
| ２４ | 輸送コンテナ破壊（隠しパーツ有り） | |
| ２５ | 資料奪回 | |
| ２６ | 潜水艦護衛 | |
| ２７ | 旧市街調査 | |
| ２８ | 地下鉄道路調査（隠しパーツ有り） | |
| ２９ | ミサイル発射阻止 | |
| ３０ | 要人護衛 | |
| ３１ | ジオシティ制圧（隠しパーツ有り） | |
| ３２ | 地下研究所奪還 | |
| ３３ | ハンマーヘッド強襲 | |
| ３４ | レオス・クライン排除（隠しパーツ有り） | |
| ３５ | 空中要塞侵入 | |
| ３６ | フォボス |